Към края на царуването на Ехнатон, Нефертити изчезва от египетските исторически архиви. Години наред, учените са смятали, че тя се е оттеглила от благоприличие към царя фараон, но това действително е случай на сгрешена идентичност. Това е била Кайа, името и изображенията, на която са били изтрити от паметниците и заменени с тези на Меритатен, една от дъщерите на Ехнатон.
Има предположение, въпреки че липсват подкрепящи доказателства, че към дванадесетата година от царуването на Ехнатон и след като го дарила със син и евентуално дъщеря, Кайа се е превърнала в твърде голям съперник на Нефертити, която е станала причина за изпадането в немилост на Кайа.
Възможно е Нефертити да е изчезнала няколко години след Кайа, което означава, че тя е починала на възраст около тридесет години.
Скоро след изчезването на Нефертити, археологическите сведения сочат, че Ехнатон е приел съ-регент, с когото да споделя престола на Египет. Една от теориите е, че този съ-регент не е никой друг освен самата Нефертити.
Друга теория е, че е имало действително двама съуправници – регенти, един от синовете на Ехнатон на име Сменкаре и Нефертити под името Нефернефератен. Без съмнение, подобно на мъжа си, който първоначално е носил името Аменхотеп, тя също би могла да приеме ново име, Нефернефератен в чест на Бог Атен.
Джейкъбс Ван Дайк от Оксфордския университет, изследващ историята на древен Египет, вярва, че наистина Нефертити е станала съ-регент заедно със съпруга си и че нейната роля като царска съпруга е била поета от най-голямата й дъщеря, Меритатен. Ван Дайк също така предполага, че Сменкаре може да е бил самата Нефертити, която управлява след смъртта на съпруга си, а собствената и дъщеря е в церемониалтата роля на "Великата царска съпруга".
Друг учен, Кирил Алдред изследва погребална вещ, наречена shawabti. Той твърди, че тази вещ според древен надпис, е принадлежала на самата Нефертити, а не, както някои учени твърдят, че е дарение от нея за погребението на Ехнатон. Вероятно, въпросната вещ е направена след смъртта на царицата, тъй като такъв е бил обичаят по това време, да се правят подобни предмети за процеса на балсамиране. Ехнатон отхвърля тази практика като част от новата си религия, но въпреки това, две от неговите собствени shawabti остават неразгадани.
Алдред също отбелязва, че въпросната shawabti представя Нефертити като господстваща царица, а не съ-регент. Той вярва, че Нефертити е починала на четиринадесетата година от царуването на Ехнатон.
Ако това наистина е вярно, че Нефертити е починала по време на царуването на мъжа си, то годината посочена от Алдред най-вероятно е вярна. Нефертити е изобразена върху редица релефи, включително и този от погребението на втората й дъщеря, за която се смята, че е починала по време на тринадесетата година от царуването на Ехнатон.
Последните сведения за Нефертити датират от времето на четиринадесетата година от царуването на Ехнатон, а именно това са документи за доставка на вино от нейното имение, за което след това липсват всякакви данни. Според Алдред по презумпция трябва да се приеме, че Нефертити е изчезнала някъде около четиринадесетата година от царуването на Ехнатон.
