Широко застъпена в беседите на Петър Дънов е темата за богомилството и влиянието му върху развитието на България. За учителя философ това древно учение е най-ценният дар, който българите са дали на света.
Дънов казва, че сънародниците му са направили света по-добро място чрез богомилите, защото са научили хората какво е свободата с революционните за времето си идеи. Според него всичките беди, които България и народът ѝ са преживели, са дошли именно след прогонването на богомилите.
Той определя учението на последователите на поп Богомил като Божествено. Техните догми учели на съвършенство и доброта, но, за съжаление, народът не успял да възприеме и да извърви пътя, по който бил поведен от богомилите. Последните били прогонени от страната, което според Дънов именно довело до разрухата на България и падането ѝ под турско робство за цели петстотин години.
Той смятал, че именно народите, които са разбрали и приложили на практика идеите им за социални реформи, днес са процъфтели. Дънов бил на мнение, че ако в наши дни българите разберат грешките на своето минало и не повторят същите грешки спрямо сегашните идейни течения, ще имат много по-добри резултати в обществения си живот.
Като дойде Христос на земята, убеди ли евреите в истината? Приеха ли те учението Му? Не Го приеха. Богомилите убедиха ли хората в правотата на своето учение? И те не можаха. Питат: Кои са богомилите? – Всички хора, които носят добри, светли идеи, са богомили. Те са носители на новата култура, казва още в беседите си Дънов.
Той смятал, че богомилите са много по-древни, отколкото разказва историята. Според него следи от тях могат да се видят в Древен Египет, Месопотамия и Рим. Идеите и прогресът на всяко едно време идвали с тях. Имало момент, когато човечеството изпадало в застоя на тъмните времена. Това ставало именно когато започвали гоненията срещу богомилите.
Много пъти в историята те изчезвали, но винаги след това се завръщали, за да може светът да продължи напред. Дънов бил убеден, че носителите на това древно знание ще се завърнат и днес и едва когато българите отново го прегърнат и възприемат, държавата им ще се оправи и тръгне отново към възход.
